Игра продолжает историю протагониста первой игры — Кайла Крейна. После событий дополнения The Following Крейн превратился в своеобразного оборотня, способного перевоплощаться в «Прыгуна» на определённое время. Его на 13 лет заточили в секретную лабораторию, где учёные ставили на нём опыты и пытали.

Крейн решает отомстить учёным и некоему Барону, который стоит во главе организации. Для этого ему нужны союзники и способности, добываемые из мёртвых тушек огромных Химер — мутантов, которых создали в лабораториях и выпустили покорять долину Кастор-Вудс.