Агентство национальной безопасности США (АНБ) создает новое сверхсекретное подразделение «Третий Эшелон». Сэм Фишер становится агентом этого подразделения. Его задачей будет предотвращения военной угрозы, между США и Китаем, а также поиск скрывающегося президента Грузии, для того чтобы не дать ему применить секретное оружие, которое называется «Ковчег».